مدارس نظامیه در نیمه دوم قرن پنجم هجری توسط خواجه نظام الملک طوسی وزیر مقتدر آلب ارسلان و ملکشاه سلجوقی در چندین شهر بزرگ و مهم قلمرو سلجوقیان تاسیس گشت. این مدارس در اشاعه مذهب شافعی و محدود نمودن سایر مذاهب نقش اساسی داشتند. همچنین مدارس نظامیه مهمترین عامل رکود مباحث عقلی و فلسفی در آن عصر به حساب می‌آیند.
انگیزه خواجه نظام الملک از تاسیس مدارس نظامیه
در تاریخ تحولات عصر سلجوقیان رویدادی مهمتر از ظهور فرقه اسماعیلیه و مبارزاتشان با حکومت سلجوقی نمی‌توان یافت. جایگاه اصلی اسماعیلیه را باید در بیرون از مرزهای ایران و در سرزمین مصر دنبال نمود.
علویان، همیشه مطرود دستگاه خلافت بنی امیه بودند و پس از سقوط آنان و به قدرت رسیدن عباسیان، این تحول نقطه امیدی برای آنان به حساب آمد. ولی پس از چندی دریافتند عباسیان نیز راه امویان را می‌پیمایند و همچنان با آل علی (ع) سر دشمنی دارند. از این زمان آنها در جایی به دور از خلافت به دنبال مامنی می‌گشتند تا بتوانند قدرت مستقلی برای خود به وجود آورند این سرزمین همان مصر بود.
مصر به لحاظ جغرافیایی و فرهنگی برای آنان موقعیت مناسبی داشت. خلافت فاطمی با اندیشه پیروی از دختر پیامبر اکرم (ص) و رساندن نسب خود به ایشان و حضرت علی (ع) در مصر ایجاد گشت و پایگاهی برای رواج اندیشه علوی و مبارزه با خلافت عباسی شد.
پس از تاسیس خلافت فاطمیان در مصر، فرقه اسماعیلیه که از دشمنان سرسخت خلافت عباسی به حساب می‌آمد، توانست از حمایت جدی آنها بهره برده و بر دامنه مبارزاتش بیفزاید. با تاسیس حکومت سلجوقیان در ایران و حمایت جدی آنان از خلافت عباسی، اسماعیلیه نیز دامنه مبارزاتش را به ایران و مبارزه با حکومت سلجوقیان به عنوان پشتیبان اصلی خلافت عباسی تسری داد.
اسماعیلیان شیعه هفت امامی بودند و اسماعیل فرزند امام جعفر صادق (ع) را آخرین امام خود دانسته و با انگیزه استقلال مجدد ایران و نفی سلطه اعراب و خلافت عباسی و حامیان سلجوقی آنها به شدت به مبارزات خود ادامه می‌دادند.
خلفای فاطمی با تاسیس مرکز جامع الازهر مصر در نیمه قرن چهارم هجری توانسته بودند به لحاظ فرهنگی و تبلیغی طرفداران زیادی برای خود ایجاد نمایند. خواجه نظام الملک نیز با اقدامی مشابه و متضاد با آنها اقدام به تاسیس مدارس نظامیه کرد که هدف عمده در آن تبلیغ آیین شافعی و ضدیت با سایر مذاهب، بخصوص اسماعیلیه بود. جامع الازهر مصر که در نیمه قرن چهارم هجری ایجاد گشت، بزرگترین مرکز تبلیغی اسماعیلیان به شمار می‌رفت. در این مرکز علوم فلسفی و عقلی مورد توجه بوده و دانشمندان بزرگی در این زمینه به تدریس مشغول گشتند. ولی در نظامیه‌ها و بخصوص نظامیه بغداد، علوم فلسفی و عقلی ممنوع بود و به کتب قدیمه و علوم سنتی و تدریس منطق برای آشنایی فقها با فن جدل که بتوانند مخالفانشان را محکوم نمایند، توجه خاص می‌شد.
به تدریج در مدارس نظامیه نیز فعالیت‌های علمی گسترش یافت و دروس فقه، اصول، حدیث، تفسیر، علوم قرآنی، علوم ادبی، ریاضی و طب و غیره نیز تدریس می‌شد ولی از آزادی عقیده و اظهار نظر خبری نبود.
مدرسه نظامیه بغداد به عنوان بزرگترین مرکز آموزشی دوره اسلامی در مدت حیات سیصد ساله‌اش دانشمندان و ادبا و فقهای زیادی تقدیم جامعه اسلامی نمود. خواجه نظام الملک با صرف هزینه‌های کلان که قریب یک دهم بودجه کل دولت را شامل می‌شد این مدارس و بخصوص نظامیه بغداد را به بزرگترین مرکز فرهنگی جهان اسلام تبدیل نمود. وی کلیه مشاغل کلیدی و مهم جامعه اسلامی را به فارغ‌التحصیلان این مدرسه می‌سپرد و امیدوار بود، با این اقدامات وحدتی اساسی با محوریت شافعی به وجود آورد و حتی زمینه را برای جلب افراد از مذاهب دیگر به مذهب شافعی فراهم نماید.